Trabajando de forma reproducible

Estoy tratando de mejorar la reproducibilidad de mis próximas publicaciones. Esto me ha llevado a leer sobre herramientas de reproducibilidad computacional e involucrarme en comunidades como ReproHack, dónde se pone el foco en dilucidar las mejores prácticas a la hora de compartir tu código y datos.

¿Querés saber más de ReproHack y reproducibilidad computacional? Te recomiendo la charla de Anna Krystalli en UseR! 2020

¿Binder y R?

Conocí Binder gracias al framework de los tutoriales de Ines Montani. Binder permite correr el código de los ejercicios de forma interactiva. Entre las potencialidades de Binder esta poder compartir Shiny apps. Si bien tiene algunas desventajas en comparación con shinyapps.io, como por ejemplo tardar más tiempo en cargar, no deja de ser una alternativa interesante al momento de dejar una aplicación como parte de una articulo científico. Además no tiene restricciones de cantidad de apps que se pueden dejar libres de forma gratuita.

Además, simplemente cambiando la URL con la que llamamos a la app, Binder permite compartir el una Shiny app o acceder al mismo proyecto desde RStudio.

Si quieres usar shinyapps.io para publicar tu Shiny app puedes encontrar instrucciones aquí

Hace poco participé de la CarpentryCon, no sólo ayudando en las traducciones de lecciones al español, sino también dando un pequeño workshop junto a Pablo Bernabeu sobre Reproducibilidad y Ciencia Abierta donde expliqué brevemente el uso de Binder.

Si quieres saber más de Binder te recomiendo el libro de The Turing Way book. The Turing Way es otra comunidad que te recomiendo seguir si te interesa el tema de ciencia abierta y reproducibilidad.

Tutoriales: Binder es parte del framework de Inés Montani para generar tutoriales de R y Python. También puede usarse para compartir tus tutoriales realizados con el paquete learnR, tal como lo explica este blog post

Filminas

Prepare estas filminas como parte de un meetup para presentar la primer ReproHack en español que se realizará en la conferencia LatinR en su modalidad virtual este 2020.

Podrás encontrar:

  • Diferentes formas de capturar entornos computacionales de forma reproducible

  • Breve reseña del paquete renv

  • ¿Que es Binder?

  • Pasos para generar un entorno

Filminas en Español.

Filminas en Inglés.

Nota final

Debido a los cambios en los términos de servicio de Docker el primero de noviembre de este año, puede que la falta de actividad durante 6 meses genere que el link quede inactivo. Puedes hacer preguntas sobre Binder en el siguiente link https://discourse.jupyter.org/